秘書室於本校組織章程中，屬於幕僚、支援性質之參謀單位，除辦理秘書室相關業務外，亦負責各單位間之溝通與協調，以建立校內和諧氣氛及營造友善工作環境，進而提升行政單位服務品質為任務。
秘書室編制上，置主任秘書一人，由校長聘請副教授以上人員兼任或由職員擔任之，綜理本校秘書、法制議事、「國立大學校院校務基金設置條例」第八條所訂之稽核任務及校務發展事宜。分設校務行政、法制議事暨專案人力組、校務發展三組，各組置組長一人，由校長聘請助理教授以上人員兼任或由職員擔任之，並置職員若干人及隸屬於校長之專任稽核人員一人至數人。

秘書室的業務項目包括：全校性公文審核、跨單位綜合事務協調與聯繫、全校性議事業務、校印掌理、綜合性案件彙辦、全校性委員會暨工作小組、畢業典禮及校慶相關業務、募款業務以及校長臨時交辦事項等等，以協助校長及學校有關單位共同推展校務，順利完成校務目標。